Могу ли я создавать свои seeds в схеме, отличной от целевой, или могу ли я распределить свои seeds по нескольким схемам?

Да! Используйте конфигурацию schema в вашем файле dbt_project.yml.

dbt_project.yml

name: jaffle_shop
...

seeds:
  jaffle_shop:
    schema: mappings # все seeds в этом проекте по умолчанию будут использовать схему "mappings"
    marketing:
      schema: marketing # seeds в подкаталоге "seeds/marketing/" будут использовать схему "marketing"