Могу ли я создавать свои модели в схеме, отличной от целевой, или распределять модели по нескольким схемам?

Да! Используйте конфигурацию schema в вашем файле dbt_project.yml или с помощью блока config:

dbt_project.yml

name: jaffle_shop
...

models:
  jaffle_shop:
    marketing:
      schema: marketing # seeds в подкаталоге `models/mapping/` будут использовать схему marketing

models/customers.sql

{{
  config(
    schema='core'
  )
}}