В скомпилированном SQL много пробелов и новых строк, как от этого избавиться?

Это называется "управление пробелами".

Используйте знак минус (-, например, {{- ... -}}, {%- ... %}, {#- ... -#}) в начале или в конце блока, чтобы удалить пробелы до или после блока (больше информации здесь). Ознакомьтесь с руководством по использованию Jinja для примера.

Будьте осторожны: легко увлечься, когда дело касается управления пробелами!